Les frais occasionnés par l'accueil de l'enfant donnent lieu au versement d'une « indemnité d'entretien », due pour chaque journée d'accueil. Elle couvre les matériels et produits de couchage, de puériculture, de jeux et d'activité destinés à l'enfant, à l'exception des couches, qui sont fournies par les parents, ou les frais engagés par l'assistant maternel à ce titre.
Les repas non fournis par les parents donnent lieu à une indemnité de nourriture dont le montant est convenu entre les parties. Aucune indemnité n'est due si l'employeur fournit les repas.
L'indemnité de repas n'a pas le caractère de salaire et n'est donc pas soumise à contributions et cotisations sociales. Elle doit toutefois être déclarée auprès du centre national Pajemploi afin d'être mentionnée sur le bulletin de salaire.
Le montant de l'indemnité d'entretien ne peut être inférieur à 90% du minimum garanti par enfant pour une journée de 9h d'accueil. Ce montant est proratisable en fonction du nombre d’heures d’accueil par jour. Il ne peut être inférieur à 2.65€.